MSI Wrapper
Baixe a versão gratuita do aplicativo em https://www.exemsi.com/documentation/getting-started/, execute-o e envolva o binário "malicioso" nele. Observe que você pode envolver um ".bat" se você apenas quiser executar linhas de comando (em vez de cmd.exe, selecione o arquivo .bat)
E esta é a parte mais importante da configuração:
(Observe que, se você tentar empacotar seu próprio binário, poderá modificar esses valores)
A partir daqui, basta clicar nos botões de próximo e no último botão de construir e seu instalador/envelope será gerado.
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